O Comitê de Bacia da Região Hidrográfica do Baixo Paraíba do Sul foi instituído, no âmbito do Sistema Estadual de Gerenciamento de Recursos Hídricos, pelo Decreto nº 41.720, de 03 de março de 2009, cuja redação foi alterada pelo Decreto nº 45.584/2016, incluindo a região do Itabapoana e, consequentemente, alterando o seu nome para Comitê de Bacia da Região Hidrográfica do Baixo Paraíba do Sul e Itabapoana.