O Contrato de Gestão é o instrumento que estabelece as funções delegadas à AGEVAP enquanto Agência de Bacia, compreendendo o apoio técnico e administrativo aos Comitês de Bacia. Tem por objetivo o alcance, por parte da AGEVAP, das metas constantes em Programa de Trabalho definido, no exercício de funções de competência da Agência de Água nas Regiões Hidrográficas III, IV, VII e IX do Estado do Rio de Janeiro. Em 2010, através de um Contrato de Gestão firmado entre a AGEVAP e o INEA, com interveniência do Comitê, atribui-se à AGEVAP as funções de Agência de Bacia do Comitê Baixo Paraíba do Sul e Itabapoana.